पांडुलिपियां लिखित सामग्री की सबसे बड़ी श्रेणी का गठन करती हैं जो भारत के विचार, संस्कृति और साहित्य की विरासत है। भारत में प्रचलित ज्ञान संचरण की सदियों पुरानी मौखिक परंपराओं से ज्ञान को संरक्षित करने की एक विधि के रूप में लेखन कार्य हेतु ताड़ के पत्तों की पांडुलिपियां अस्तित्व में आईं। इतिहासकारों ने छठी शताब्दी ईसा पूर्व के शुरुआती अंशों की तारीख दी है। न केवल धार्मिक ग्रंथ, बल्कि टीकाग्रंथ और साहित्य भी ताड़पत्र की पांडुलिपि के रूप में लिखे गए थे, और यह परंपरा 13वीं शताब्दी तक कायम रही। हालांकि कागज के आने के बाद भी कागदीय हस्तप्रतों का स्वरूप ताड़पत्र का ही अनुकरण करता था।

बौद्ध परम्परा में सचित्र ताड़पत्रीय पांडुलिपि की परम्परा पूर्वी भारत में पाल शासन में शुरू हुई, जबकि जैन सचित्र पांडुलिपियां राजस्थान और गुजरात में लोकप्रिय बनी । जैन भंडार एवं अन्य लोगों में कल्पसूत्र, कालकाचार्य कथा जैसे सचित्र पांडुलिपि ग्रंथ प्रचलित रहे। कागज की शुरुआत के साथ, दक्षिण सहित भारत के कई हिस्सों में पांडुलिपि लेखन और चित्रण प्रचलित हो गया। कुरान, बाइबील, स्वामिनारायण शिक्षापत्री, और गुरु ग्रंथ साहिब भी पांडुलिपि के रूप में पाए जाते हैं।

पाण्डुलिपि अनुभाग:

एल.डी. इंस्टीट्यूट ऑफ इंडोलॉजी एवं एल.डी. संग्रहालय में मुनि पुण्यविजयजी पांडुलिपियों का संग्रह संकलित है। जिनमें से कई ग्रंथ सचित्र हैं, सौंदर्य, कला और ऐतिहासिक योग्यता के शानदार नमूने हैं, सामान्य रूप से भारतीय चित्रकला के इतिहास में और विशेष रूप से जैन लघु चित्रकला का विशेष परिचायक है। समृद्ध संग्रह में लगभग 75,000 दुर्लभ पांडुलिपियां हैं। इनमें से कुछ यहाँ संरक्षण के उद्देश्य से हैं। ताड़ के पत्ते, बर्च-छाल (भोजपत्र) और हस्तनिर्मित कागज पर कई पांडुलिपियां लिखी गई हैं। कुछ पांडुलिपियां सोने और चांदी की स्याही से लिखी गई हैं। संग्रह में कई विषयों जैसे वेद, आगम, शिल्प, तंत्र, जैन धर्म और दर्शन, व्याकरण, छंद, कविता, शब्दावली, चिकित्सा आदि शामिल हैं। ये पांडुलिपियां संस्कृत, प्राकृत, अपभ्रंश, पुरानी गुजराती, हिन्दी, राजस्थानी भाषाओं में उपलब्ध है। चमकीले विविध रंगों के साथ-साथ काले और सफेद रंगो में चित्रित पांडुलिपियों की संख्या भी बड़ी है। 

संस्थान में संरक्षित कुछ महत्त्वपूर्ण और दुर्लभ पांडुलिपियां हैं: जैसे यजुर्वेद, त्रिपुरी उपनिषद, स्मृति समुच्चय, रंगविजय की गुर्जरदेश राजवंशावली, बौद्धदिपंकादर्शन, रामचंद्र की महाविद्यालंकार, रुचिदत्त की टिप्पणी, तत्त्वचिंतामणि, कुमारसंभव, किराता-र्जुनीयम, रघुवंश आदि । विलासवती नाटिका, राजिमतिप्रबंध नाटक, विवेकमंजरी, सीता कैरिता, योगनिबंधन, राम शतक, आदि।

संस्थानों के पास कुछ दुर्लभ, सचित्र पांडुलिपियां हैं: शालिहोत्र में घोड़ों के 128 चित्रण, व्यायाम चिंतामणि, शारीरिक व्यायाम के विभिन्न आसनों का चित्रण, मेघदूत (अब तक ज्ञात केवल एक ऐसी पांडुलिपि), उत्तराध्यायन सूत्र, उपदेशमाला, कल्पसूत्र, कुमारसंभव, गजस्तंभ (हाथी के 42 चित्र), बादशाह-चित्रावली में मुस्लिम राजाओं का चित्रण, गजचक्र-अश्वचक्र, जिसमें 50 चित्र हैं, मधुमालती, ढोला-मारू में 65 चित्र, गीता-गोविंद, तुलसी रामायण आदि संकलित हैं।