इस संस्थान के पुस्तकालय की स्थापना मुनिश्री पुण्यविजयजी महाराज ने की थी, जिन्होंने 10,000 दुर्लभ पुस्तकें और 2000 मुद्रित पोथी भेंट की थी। यह समृद्ध प्रारंभिक संग्रह इतिहास, धर्म, दर्शन, संस्कृति, विज्ञान, प्रौद्योगिकी, ज्योतिष, खगोल विज्ञान, आयुर्वेद, कला, वास्तुकला, भाषा और साहित्य आदि के विषयों से संबंधित है। पुस्तकालय में विभिन्न भंडारों (पाटन, लिम्बाड़ी पूना, बड़ौदा, खंभात, कोबा, मद्रास, जयपुर आदि) के केटलॉग संकलित है । 

वर्तमान पुस्तकालय में 60,000 पुस्तकें और शोध पत्रिकाओं के 8000 खंड हैं। पुस्तकालय में जैन, बौद्ध, हिंदू (वेद, पुराण, संहिता, रामायण, भगवद गीता, महाभारत), कला, वास्तु, और दर्शनशास्त्र के विषयों के प्रमुख ग्रन्थ संकलित है ।

इस पुस्तकालय का संग्रह मुख्य रूप से गुजराती, हिंदी, संस्कृत, पाली, प्राकृत, तमिल, बंगाली और मराठी भाषाओं में है । संग्रह में फ्रेंच, जर्मन, जापानी, फारसी और अंग्रेजी में पुस्तकें भी शामिल हैं।

पुस्तकालय इन्डोलॉजी विषय से संबंधित विषयों पर एवं संशोधनों पर जोर देता है। इस क्षमता में, पुस्तकालय का संग्रह भारत के साथ-साथ अंतरराष्ट्रीय स्तर पर विद्वानों और छात्रों को भी आकर्षित करता है।